質(zhì)譜_SNP檢測

技術簡介

質(zhì)譜SNP分型技術即是將 PCR 技術與質(zhì)譜相結(jié)合，利用質(zhì)譜分析對質(zhì)量靈敏度高的特點，對待檢SNP實現(xiàn)高精度分型。

檢測原理

送樣建議

注：SNP位點數(shù)＞50個，每增加50個位點，體積增加10uL。

技術參數(shù)

技術優(yōu)勢

（1）通量高、速度快：PCR反應重數(shù)可達30重，大大節(jié)省了檢測時間；運用384板進行檢測，每天最多可實現(xiàn)多達50000個SNP的基因分型高通量篩選。

（2）成本低：質(zhì)譜SNP檢測對于大樣本、多位點SNP的檢測，檢測成本要遠遠低于Sanger檢測。

（3）準確性高：MALDI-TOF平臺進行檢測檢出率達95%，準確率98%以上。

（3）靈活、簡單：可根據(jù)客戶需求對SNP位點的檢測進行巧妙組合，MALDI-TOF平臺能夠自動完成多個實驗環(huán)節(jié)，操作簡單并且保證了實驗結(jié)果的可重復性。

案例分析

基于多重基因分型及質(zhì)譜檢測疾病候選基因^[1]

研究背景

復雜疾病通常由多種導致疾病易感性的常見遺傳變異支撐。該研究描述了一種成本有效的標簽單核苷酸多態(tài)性（SNP）方法，使用多重基因分型測定與質(zhì)譜，以研究臨床隊列中的基因途徑關聯(lián)。

研究方法

研究以食物過敏候選基因座白細胞介素13（IL13）為例進行了研究。聚合酶鏈反應（PCR）用于擴增靶基因座，然后是單核苷酸延伸，之后使用基質(zhì)輔助激光解吸/電離-飛行時間（MALDI-TOF）質(zhì)譜法測量擴增子。使用基因型調(diào)用軟件分析原始輸出，使用嚴格的質(zhì)量控制定義和截止值，確定高概率基因型并輸出用于數(shù)據(jù)分析。

研究結(jié)果

該方法通過利用區(qū)域內(nèi)的共享連鎖不平衡（LD）有效地最大化覆蓋，然后將選定的LD SNP進行多重測定，使得可以同時分析多達40種不同的SNP，從而提高成本效益。

圖1 IL13 SNP rs1295686的笛卡爾聚類圖

參考文獻

Ashley SE, Meyer BA, Ellis JA, et al. Candidate Gene Testing in Clinical Cohort Studies with Multiplexed Genotyping and Mass Spectrometry[J]. J Vis Exp. 2018, (136).