LDR_SNP檢測(cè)

技術(shù)簡(jiǎn)介

LDR_SNP分型是一種將 PCR 和 LDR（Ligase Detection Reaction，連接酶檢測(cè)反應(yīng)）相結(jié)合的檢測(cè)技術(shù)。

檢測(cè)原理

送樣建議

注：SNP位點(diǎn)數(shù)＞50個(gè)，每增加50個(gè)位點(diǎn)，體積增加10uL。

技術(shù)參數(shù)

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

（1）周期短：小試之后，檢測(cè)周期15個(gè)自然日；總檢測(cè)周期55個(gè)自然日。

（2）實(shí)驗(yàn)靈活：適合10個(gè)以內(nèi)位點(diǎn)的檢測(cè)，多重PCR重?cái)?shù)可達(dá)到10重；

（3）成本低：樣本量越大，折合到單個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)的成本越低。

（4）精準(zhǔn)度高：熒光探針標(biāo)記，傳統(tǒng)的3730xl平臺(tái)；檢出率可達(dá)95%以上。

案例分析

基于PCR_LDR檢測(cè)CYP2C19多態(tài)性^[1]

研究目的

細(xì)胞色素P450 2C19（CYP2C19）基因型與藥物代謝差異有關(guān)。本研究的目的是基于聚合酶鏈反應(yīng)/連接酶檢測(cè)反應(yīng)（PCR-LDR）建立CYP2C19基因分型的可靠測(cè)定。

 材料方法

設(shè)計(jì)特異性引物和探針以檢測(cè)CYP2C19 * 1，* 2，* 3和* 17。制備每個(gè)等位基因的對(duì)照并用于性能評(píng)估，研究采用PCR-LDR和Sanger測(cè)序方法對(duì)200個(gè)臨床樣品進(jìn)行檢測(cè)分析。

研究結(jié)果

PCR-LDR檢測(cè)的檢出限為2 ng /μL基因組DNA。血液中常見(jiàn)的干擾物質(zhì)不會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果。對(duì)于臨床樣品，PCR-LDR和Sanger測(cè)序的結(jié)果是相同的。該PCR-LDR檢測(cè)方法可用于臨床環(huán)境中CYP2C19基因型的檢測(cè)。在氯吡格雷和質(zhì)子泵抑制劑治療之前，它將是篩查患者CYP2C19功能喪失等位基因的有用工具。

圖1 PCR-LDR對(duì)CYP2C19基因分型的典型結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Zhang J, Zhang H, Li K, et al. Development of a Polymerase Chain Reaction/Ligase Detection Reaction Assay for Detection of CYP2C19 Polymorphisms[J]. Genet Test Mol Biomarkers. 2018, 22(1):62-73.