多重PCR_SNP檢測

技術簡介

多重PCR_SNP檢測是一種將多重PCR和高通量測序相結合的高效SNP檢測技術。通過對多個待檢位點設計特異性引物，利用多重 PCR 技術進行擴增，即可一次性擴增出所有待檢位點序列，繼而結合高通量測序技術實現(xiàn)對大樣本多位點 SNP 的檢測。

檢測原理

送樣建議

注：SNP位點數(shù)＞50個，每增加50個位點，體積增加10uL。

技術參數(shù)

技術優(yōu)勢

（1）適用性廣：該技術適用于所有有參物種的 SNP 檢測。

（2）靈敏度高：應用高通量的方法可完成對SNP位點及其周圍序列的測定。

（3）通量高：將多重 PCR 與高通量測序相結合，運用 Illumina 測序平臺，一次可以完成3000個樣本200個SNP位點的檢測。

（4）成本低：對于大樣本、多位點SNP的檢測，多重PCR_SNP基因分型檢測的成本要遠遠低于 Sanger檢測。

（5）準確率高：HiSeq平臺進行高通量深度測序，測序深度可達上萬 X，檢出率達 95%以上，檢測準確率可達到 98%以上。

案例分析

基于多重PCR擴增子目標測序進行SNP基因分型^[1]

研究背景

新一代測序（NGS）技術使基因組重新測序能夠在個體間探索全基因組多態(tài)性，以及靶向重新測序，以快速和同時檢測與各種生物功能相關的基因中的多態(tài)性。因此，用于靶向重測序的簡單且穩(wěn)健的方法應促進廣泛的生物學領域中的基因分型。

研究方法

檢測來自8個親本種質(zhì)的443個擴增子以及Bd21和Bd3-1雜交得到的F 1子代的SNP進行基因分型。

研究結果

結果表明通過對模型草Brachypodium distachyon進行基因分型，SNP的檢測率能達到95％。評估表明該方法為準確和穩(wěn)健的SNP基因分型提供了有效的框架。

圖1 B. distachyon的8個自然種質(zhì)中各個染色體上的SNPs的鑒定和選擇概況

參考文獻

Onda Y, Takahagi K, Shimizu M, et al. Multiplex PCR Targeted Amplicon Sequencing (MTA-Seq): Simple, Flexible, and Versatile SNP Genotyping by Highly Multiplexed PCR Amplicon Sequencing[J]. Front Plant Sci. 2018, 9(201):1-10.