人目標區(qū)域測序

技術簡介

目標區(qū)域測序是利用高通量測序技術對目標基因進行測序。對大量樣本進行目標區(qū)域研究，可以發(fā)現(xiàn)和驗證疾病相關候選基因或相關位點，在臨床診斷、用藥指導和藥物開發(fā)方面有著巨大的應用潛力。

技術路線

送樣建議

技術參數(shù)

案例分析

全新的ctDNA檢測技術：癌癥個體化深度測序分析方法（CAPP-Seq）^[1]

研究背景            

癌癥個體化深度測序分析方法 (CAPP-Seq)，對非小細胞肺癌 (NSCLC )的 ctDNA 檢測結(jié)果靈敏度高，特異性強且經(jīng)濟可行。

研究目的

利用定制化的 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library 作為"篩選器" (selector) 對樣本進行靶向捕獲后再進行深度測序。

研究結(jié)果

研究者從腫瘤基因突變數(shù)據(jù)庫 (COSMIC) 等來源找出與 NSCLC 復發(fā)突變相關的外顯子，再對來自腫瘤基因圖譜 (The Cancer Genome Atlas) 數(shù)據(jù)庫的 407 位 NSCLC 患者全基因組測序結(jié)果進行篩選，并應用迭代算法使篩選出的區(qū)域在充分覆蓋每個樣本的錯義突變的同時盡可能的精簡。羅氏 NimbleGen 根據(jù)以上區(qū)域定制了 NimbleGen SeqCap EZ Choice Library  靶向序列捕獲產(chǎn)品作為本次 CAPP-Seq 的"篩選器"，包含了 139 個相關基因的 521 個外顯子和 13 個內(nèi)含子，共約 125kb。 NimbleGen "篩選器"有效的把測序區(qū)段濃縮到整個基因組大小的 0.004%， 使得后續(xù)超高深度測序得以實現(xiàn)。

圖1. CAPP-Seq 靈敏性和特異性分析

參考文獻

[1]. Aaron M. Newman1, Scott V. Bratman1, Jacqueline To,etc. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med,(2014).